A szabadkai zsinagóga 1902-ben készült el, és Lechner munkatársainak, Jakab Dezső (1864-1932) és Komor Marcell (1868-1944) építészeknek az alkotása, akiket a szabadkaiak gyakran alkalmaztak. A szabadkai zsinagóga tervei már korábban, a szegedi zsidó imaházra kiírt pályázatra (1900) elkészültek.
A kivitelezés lehetőségét ott Baumhorn Lipót (1860-1932) konzervatívabb terve kapta meg, ő tervezte a fiumei (1902) és az újvidéki (1903) zsinagógát is. Jakab és Komor tervét Szabadka pályázat nélkül megvásárolta, és jelentéktelen változtatásokkal meg is valósította. „Művészeti, esztétikai és anyagi értékei mellett az épület szerkezeti szempontból is egyedülálló és rendkívüli ritkaság a mi vidékünkön. A kupola ácsolt szerkezete valódi mérnöki és iparosi mestermunka, a belső kupolák és boltozatok másodlagos szerkezete, a rabic-szerkezet egy fajta vasbeton bordázattal igazi különlegesség tájainkon, főként abban az időben (1902) avantgárdnak, de ugyanakkor nagyon sikeres kezdeményezésnek is számított.” állítja dr. Oskar Hrabovski a zsinagóga szerkezeti állagának 1976. X. 25-ei szakvéleményezésében.
Tervrajzát tekintve az épület ötkupolás, a főkupola közepe egy nyolcszögű acélkonstrukcióra támaszkodik (a vasváz nyolc oszlopát dúsan díszített gipszrabic fedi). Ezek az oszlopok képezik a zsinagóga egyedülálló szerkezetének alapját. A felső szakaszon az oszlopok össze vannak kapcsolva 80 cm magas, vízszintesen fekvő acélgerendákkal, amelyek bele vannak süllyesztve az égetett téglából rakott, nyolcszögű, masszív külső falba (tambur). Az acél sarokgerendák befelé mozdításával, a négyzetből csonkolt sarkokban, amelyek lemetszett sarkán acéloszlopok találhatók, egy szabályos nyolcszögű alapot hoztak létre a tambur külső fala számára. A tambur felett a kupola vékony, 8-10 cm-s rabichálója feszül, ennek merevségét és teherbírását csillag alakban szétfutó, 50 cm magas bordák segítségével biztosították, ezekből a csúcs közelében nyolc, a kupola lábazatánál pedig harminckét darab van. A rabickupola felett található a torony faszerkezete, amely védi a rabickupolát az időjárás hatásaitól, egyszersmind a külső térben hangsúlyozza annak helyzetét. Négy kisebb torony magaslik a zsinagóga sarkai felett, ezek egyensúlyba hozzák az épülettestet, kiemelve a zsinagóga négy lépcsősorának függőlegesét. Az oszlopokra ily módon támaszkodó központi kupola révén a külső falak tehermentesültek és sátorszerkezetet imitálnak. Így lett az egész épület statikailag tökéletesen kiegyensúlyozott.
Az épületet úgy tervezték, hogy legapróbb részletekig kielégítse a liturgia szükségleteit. Megvalósul benne funkció és forma logikai összhangja, ami egyébként nem jellemző a korszak és a stílus építészetére. A háromszárnyas, díszes főbejárat, akárcsak déli és északi mellékbejáratok kényelmes átjárhatóságot biztosítanak a földszinten, míg a különálló, négy oldali oldalbejáratok lehetővé teszik az összeköttetést a galériarésszel, ahol külön helyeket biztosítottak a nők számára. A főhomlokzattal a kupolák finom ívű, terrakotta reliefekkel díszített áthidaló elemekkel vannak összekötve, melyek szervesen kapcsolódnak az attikák reliefjeihez. A Zsinagógának ez a dekoratívan megoldott borítása, a terrakotta frízreliefek követik a homlokzat széleinek alapvonalát, rozettát vagy magukban álló reliefek, amelyek vízszintes koszorúkat és füzéreket képeznek a nyílások, vitrázsok vagy portálok körül. A különleges elgondolású, magas művészi színvonalú másodlagos plasztikákat következetesen vezették át a magas relief egyedülálló művészeti koncepciójába és megmunkálásába. A reliefplasztika minden kis darabkája kivételes művészeti kompozíciót alkot a homlokzattal és a más anyagokból kiképzett díszítményekkel. Levélformák váltakoznak hullámvonalban virágokkal és termésekkel, míg tengelyük párhuzamos. Ezek a motívumok jellemzőek a szecesszió magyar változatára – folklór motívumok olyan alapformákból kibontakoztatva, mint a rózsa, a tulipán, a pávatoll és levelek, amelyek kettényíló gyümölcsök magvait idézve alkotnak füzért.
Ez a növényi ornamentika jellegzetessége a zsinagóga belterének is, felbukkan a festett díszítésben és a domborművű díszítésben (festett gipszdíszek), valamint a vitrailok növényi motívumaiban, amelyek ritmikusan váltakoznak az épület szimmetriatengelyében, erőteljesen megvilágítva a belső teret, mivel egymással szemben helyezték el őket, mintegy tükrözik egymást, és a falakat gazdag fényreliefekkel mintázzák. A vitrailok a neves üvegfestő, Róth Miksa műhelyében készültek, és minden szinten megtalálhatók: a földszinten, a kupola galériájában és a kupola alapjánál is, utóbbit sugaras festett üveg tölti ki, közepéből pedig csillár ereszkedik alá (ezt 1993-ban restaurálták és rekonstruálták). A zománctalan terrakotta és a zománcos pirogránit elemek a pécsi Zsolnay gyárban készültek. A két oldalsó homlokzat dekorációjának pirogránit elemeit 1991-ben ismét elkészítették a Zsolnay gyárban, akárcsak a Tízparancsolat tábláit, amelyek az épület négy oldalán lévő attikákon helyezkedtek el.
A második világháború alatt számos szabadkai zsidót koncentrációs táborokba deportáltak, így a háború előtti ötezres zsidó szabadkai közösségből csupán kétszázan maradtak a háború végére. A megcsappant lélekszámú közösségnek már nem állt módjában fenntartani a zsinagógát, ezért 1979-ben az épületet átadták a városnak.
1980 decemberében a központi kupola elferdült tetőszerkezetét hidraulikus préssel visszaemelték eredeti helyzetébe, ezáltal megálljt parancsoltak további görbülésének és omlásának. Ugyanígy lecserélték a faszerkezet sérült részeit is, egyiket a másik után, valamint a tetőfödém színes zománcos hódfarkú cserepeit is, és a csúcson lévő kettős bádog kalotta is egy rézből készült, ugyanolyan formájú és díszítésű kalottára cserélték le.
Restaurálták a kupolarész festését, a híres zombori Stanišić üvegfestő műhelyben pedig restaurálták a földszinti vitrailokat, a galériáról csak a kisebb vitrailokat, illetve a kupola minden vitrailját. A nagy körvitrailokat nem restaurálták, és azóta már a restaurált vitrailok és a festés is ismét sérült.
A szabadkai zsinagógát 1975-ben műemlékké nyilvánították, 1990 óta pedig a kiemelt jelentőségű műemlékek közé tartozik.
Ha elemezzük azt a teret, amelyet a zsinagóga a maga lekerekített, kupolás falpalástjával életre hív, az egy sátorbelső benyomását kelti. Az építészek törekvése, hogy a szilárd építőanyaggal a Tóra tekercseinek őrzésére szolgáló őseredeti sátort megidézzék, amely törekvést ez esetben még tetézte az architektúra nemzeti jellegzetességekkel való megformálásának vágya, a szabadkai zsinagógában tökéletes kifejezést nyert.